战争开始后，双方各有胜负，而且伤亡惨重。新教首领纳瓦尔国王安托万战死;5年后，旧教“三头”之一的蒙莫朗西也死在沙场。这时，罗马教廷和西班牙王室支持旧教派，而新教派的军队统帅科利尼则联络英国及德意志的新教邦国为己援手，并决定向西班牙开战，于是战争愈演愈烈。王太后仍然扮演驾驭双方的角色，几次出面调停，均无结果。后见新教派欲向西班牙宣战，又搬来了英国和德意志新教国家的救兵，遂立感慌乱。因为她出身的美保奇家族是意大利的望族，当时统治着佛罗伦萨公国和托斯卡纳大公国。该家族历来与尊奉旧教的西班牙王室、神圣罗马帝国皇室交好。这次战争开始时，她也曾与西班牙谈判。因此，她断不容新教派拉拢新教国家与西班牙为敌。为缓解这一局势，她决定将女儿玛格丽特公主，即国王查理九世之姊下嫁给纳瓦尔的新国王亨利，以此来平衡两派敌对势力。亨利能与王室公主联姻，哪有不允之理?于是便吉服进京，于1572年8月18日与玛格丽特公主举行婚典，结为伉俪。

亨利是新教首领，既是喜结良缘，各路新教显贵自然纷纷来到巴黎祝贺。谁料新的吉斯公爵亨利和另一旧教首领昂儒公爵亨利，竟在8月22日派人刺杀新教统帅科利尼。虽然刺杀未遂，但此事立即引起雨格诺教派的群起责难。太后见状，悄知事态已难挽回，便索性站到旧教一边，逼使其子查理九世下令血洗在京的新教徒。8月23日夜至24日凌晨，一场大屠杀搞得兔泣神惊，2，000多雨格诺教徒陈尸巴黎。因为8月24日是基督彰的圣巴托罗缪节，故而人们将此事称作“圣巴托罗缪之夜”。随后，这类屠杀又在多处地方发生，惨死于刀斧下的冤魂约计两万人，“圣巴托罗缪之夜”后，大批新教徒为避血光之灾而被逼板依旧教，新郎纳瓦尔的亨利也因迭声宣告抛弃新教而得以身免。但更多赵雨格诺教徒被激怒，更加强了斗志。不少天主教徒不齿于王室的行径，竟与新教徒联手起来，共抗王权。