1574年国王查理九世英年早逝，其弟继位，称亨利三世。很快就形成了吉斯家族的亨利、纳瓦尔国王亨利和法王亨利的“三亨利之战”。在3人之中，法王亨利三世身子赢弱，膝下无子，依例应由其姐丈纳瓦尔国王亨利为法国王位继承人。但纳瓦尔的亨利所属的波旁家族信奉新教，罗马教皇便宣布将亨利革出教门，剥夺其王位继承权。这时，吉斯公爵亨利也一心觊觎王位，并在西斑牙支持下建起“天主教同盟”，极具实力，声望甚高。1588年时，天主教同盟的军旅不仅重创纳瓦尔亨利魔下的雨格诺教部众，而且进入巴黎，逼得法王亨利三世也逃出京城。亨利三世眼见无力正面对敌，便于12月派人行刺，一举杀死了吉斯公爵亨利和吉斯的红衣主教，还绑架了天主教同盟的一些首领。此举令吉斯家族与天主教同盟怒不可遏，立起反击，各地天主教徒纷纷起来呼应，法国大部地区不再承认亨利三世为合法国王。身陷困境的亨利三世只得去与姐丈纳瓦尔的亨利结盟，联手进攻巴黎。1589年9月1日，亨利三世遇刺，次日殉命。纳瓦尔国王亨利顺理成章地继承了王位，称亨利四世。从此，开始了波旁王朝统治时期。

由于亨利四世是新教领袖，当时承认其国王地位的仅有5座城市。尽管在英国支持下他接连取得军事上的胜利，但天主教徒占了法国居民中的九成，仍然不肯接受这个新教国王。于是亨利四世决心改宗天主教，并就此致函罗马教皇和巴黎教会。故老相传，亨利四世曾对左右言道:“为进巴黎而去做弥撒，倒也值得。”不久，天主教同盟发生内江，西班牙国王又意图将自己的女儿伊莎贝尔捧上法国王位，激起法国的民族情绪;再加法国民众日益厌烦无休止的战争，于是天主教的僧俗贵族也渐次倾向于承认亨利四世为王。亨利四世也不失时机地于1593年7月在巴黎北边的圣德尼大教堂，举行了皈依天主教的宣誓仪式。次年2月，又在夏特尔举行了加冕典礼。3月，亨利四世排銮驾，隆重进入了京城巴黎。此时，各地纷纷归附朝廷，虽还有些天主教同盟盘踞的地带，但已是强弩之末，在朝廷威逼利诱下，至1598年3月，俱都陆续归顺，只有西班牙尚持敌对之态，于1597年发兵攻来。后因国内出了事端，也于1598年5月与法国议和。至此，持续36年的“雨格诺战争”终于宣告终结。